Detección molecular de coronavirus endémicos y enterovirus D68 en muestras respiratorias del año 2016 en Panamá
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Resumen en español
Los Coronavirus humanos (CoVh) 229E, HKU1, NL63 y OC43 son endémicos a nivel mundial y aunque normalmente se asocian con enfermedades respiratorias leves, también pueden causar infecciones graves en bebés, ancianos y personas inmunocomprometidas. Por otro lado, desde el descubrimiento de Enterovirus D-68 (EV-D68) sólo se habían reportado casos esporádicos, sin embargo, en 2014 ganó importancia luego de un brote ocurrido en Estados Unidos y un aumento simultáneo de los casos de mielitis flácida aguda. Este virus puede causar infecciones leves y graves, afectando principalmente a niños menores de 5 años. En Panamá durante el año 2016, el Programa de vigilancia para Influenza y otros virus respiratorios recibió 4,041 muestras de personas con síntomas de infecciones respiratorias, de las cuales un 68.78% (n=2,537/4,041) fue positivo para uno o más de los 12 virus incluidos dentro del panel viral respiratorio (Influenza A/H1 pandémico, Influenza A/H3, Influenza A/No tipificable, Influenza B/VIC, Influenza B/YAM, Virus Sincitial Respiratorio, Metapneumovirus humano, Parainfluenza tipo 1, Parainfluenza tipo 2, Parainfluenza tipo 3, Adenovirus y Rhinovirus). Debido a la necesidad de conocer cuáles otros virus pudieron causar estas infecciones respiratorias, nos propusimos a realizar una búsqueda retrospectiva de Coronavirus endémicos y EV-D68 en las muestras recibidas durante el año 2016, con el objetivo principal de detectar a alguno de estos virus menos frecuentes en las muestras negativas de ese año. Se hizo una selección de 127 muestras de hisopados nasofaríngeos, de las cuales el 70% eran negativas (n=89) a los virus del panel viral respiratorio. Las muestras positivas (n=38) se utilizaron para evaluar coinfecciones con otros virus respiratorios detectados en el panel viral. Las muestras se clasificaron según grupo etario (<5 años, 5-18 años y >18 años), según tipo de atención médica y según región del país de procedencia. Se extrajeron los ácidos nucleicos utilizando un equipo automatizado (Thermo Scientific Kingfisher Flex) y el extraído se amplificó mediante una RT-PCR en tiempo real de un sólo paso. CoVh-229E, CoVh-NL63 y CoVh-OC43 se detectaron mediante un ensayo multiplex, mientras que CoVh-HKU1 y EV-D68 se detectaron empleando reacciones de PCR individuales. El 18.11% de las muestras resultaron positivas (n=23/127). Estas se distribuyeron en un 2,36% (n=3/127) para CoVh-229E, 2,36% (n=3/127) para CoVh-OC43 y 13,39% (n=17/127) para EV-D68. Además, se observó que el 13,15% (n=5/38) de las muestras estaban coinfectadas. Se presentaron coinfecciones entre CoVh-229E con Influenza A/H1 pandémico, CoVh-OC43 con Parainfluenza tipo 1, EV-D68 con Rhinovirus, EV-D68 con el Virus Sincitial Respiratorio y EV-D68 con Parainfluenza tipo 3. El 78.26% (n=18/127) de las muestras positivas provenían de sujetos hospitalizados y el 21.74% (n=5/127). de sujetos ambulatorios. En cuanto a la edad, el 52.17% (n=12/127) correspondían a niños <5 años, el 13.04% (n=3/127) a sujetos entre 5-18 años y el 34.8% (n=8/127) a adultos >18 años. Por otro lado, no se detectaron casos de CoVh-NL63 ni CoVh-HKU1. Estos resultados resaltan la importancia de detectar las infecciones causadas por estos virus respiratorios, que permitan aportar conocimiento sobre la epidemiología de estos virus menos frecuentes en nuestro país.
Resumen en ingles
Human coronaviruses (HCoV) 229E, HKU1, NL63, and OC43 are endemic worldwide. Although they are usually associated with mild respiratory illnesses, they can also cause severe infections in infants, the elderly, and immunocompromised individuals. Since the discovery of Enterovirus D68 (EV- D68), only sporadic cases have been reported. However, in 2014, it gained importance after an outbreak in the United States and a simultaneous increase in cases of acute flaccid myelitis. This virus can cause mild and severe infections, primarily affecting children under 5 years of age. In Panama during 2016, the Influenza and other respiratory viruses surveillance program received 4,041 samples from people with symptoms of respiratory infections, of which 68.78% (n=2,537/4,041) were positive for one or more of the 12 viruses included in the respiratory viral panel (pandemic influenza A/H1, influenza A/H3, influenza A/non-typeable, influenza B/VIC, influenza B/YAM, respiratory syncytial virus, human metapneumovirus, parainfluenza type 1, parainfluenza type 2, parainfluenza type 3, adenovirus and rhinovirus). Due to the need to understand which other viruses could have caused these respiratory infections, we conducted a retrospective search for endemic coronaviruses and EV-D68 in the samples received during 2016, with the primary objective of detecting some of these less common viruses in the negative samples from that year. A selection of 127 nasopharyngeal swab samples was made, of which 70% (n=89) were negative for the viruses in the respiratory viral panel. The positive samples (n=38) were used to evaluate coinfections with other respiratory viruses detected in the viral panel. The samples were classified by age group (<5 years, 5–18 years, and >18 years), type of medical care, and region of the country of origin. Nucleic acids were extracted using automated equipment (Thermo Scientific Kingfisher Flex), and the extracted sample was amplified by one-step real-time RT-PCR. HCoV-229E, HCoV-NL63, and HCoV-OC43 were detected using a multiplex assay, while HCoV-HKU1 and EV-D68 were detected using individual PCR reactions. A 18.11% of the samples were positive (n=23/127). These were distributed as 2.36% (n=3/127) for HCoV-229E, 2.36% (n=3/127) for HCoV-OC43, and 13.39% (n=17/127) for EV-D68. Additionally, 13.15% (n=5/38) of the samples were found. to be coinfected. Coinfections occurred between HCoV-229E with pandemic Influenza A/H1, HCoV-OC43 with Parainfluenza type 1, EV-D68 with Rhinovirus, EV-D68 with Respiratory Syncytial Virus, and EV-D68 with Parainfluenza type 3. A 78.26% (n=18/127) of the positive samples came from hospitalized subjects and 21.74% (n=5/127) from outpatients. Regarding age, 52.17% (n=12/127) corresponded to children <5 years old, 13.04% (n=3/127) to subjects between 5- 18 years old, and 34.8% (n=8/127) to adults >18 years old. On the other hand, no cases of HCoV-NL63 or HCoV-HKU1 were detected. These results highlight the importance of detecting infections caused by these respiratory viruses, which will provide insight into the epidemiology of these less common viruses in our country.